Kementerian Wilayah Persekutuan diwujudkan pada tahun 1979 untuk menjalankan tugas dan fungsi sebagaimana yang dinyatakan dalam Akta Fungsi-Fungsi Menteri 1969. Pada masa itu, Kementerian Wilayah Persekutuan juga berfungsi sebagai penyelaras perancangan dan pembangunan Kuala Lumpur dan kawasan Lembah Klang selaras dengan penubuhan satu Majlis Perancangan Wilayah Lembah Klang dan Jawatankuasa Kerja Perancangan Wilayah Lembah Klang.

Pada tahun 1981, Kementerian Wilayah Persekutuan telah diturunkan statusnya menjadi satu bahagian di bawah pentadbiran Jabatan Perdana Menteri (JPM) yang beroperasi sebagai Unit Perancangan Lembah Klang. Untuk menampung strategi pembangunan Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur dan Labuan pula, pada tahun 1984 telah diwujudkan Bahagian Kemajuan Wilayah Persekutuan dan Perancangan Lembah Klang untuk melaksanakan dasar pembangunan Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur dan Labuan.

Pengumuman penyusunan semula kabinet pada 27 Mac 2004 oleh Perdana Menteri Malaysia, Tun Abdullah Bin Hj. Ahmad Badawi, menyaksikan penubuhan Kementerian Wilayah Persekutuan. Tan Sri Mohd Isa Bin Dato' Hj Abdul Samad telah dilantik sebagai Menteri Wilayah Persekutuan yang pertama.

Penyusunan semula Kabinet pada 27 Mac 2004 telah menyaksikan Kementerian Wilayah Persekutuan ditubuhkan semula untuk memberi tumpuan khusus terhadap kemajuan Wilayah Persekutuan (Kuala Lumpur, Labuan dan Putrajaya) di samping bertanggungjawab untuk menyelaras Perancangan Lembah Klang seperti yang tersebut dalam Akta Fungsi-Fungsi Menteri 1969 (pindaan terkini).

Transformasi Bahagian Kemajuan Wilayah Persekutuan dan Perancangan Lembah Kelang yang merupakan salah sebuah Jabatan Perdana Menteri menjadi sebuah Kementerian pada 27 Mac 2004 menekankan kepentingan dan keutamaan yang diberikan kepada perancangan dan pembangunan Kuala Lumpur, Labuan dan Putrajaya; meliputi perancangan Lembah Kelang sebagai sebahagian daripada usaha negara untuk memajukan kawasan tersebut.

Penubuhan KWP bertujuan:-

• Melaksanakan tugas-tugas perancangan dan pembangunan Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur, Putrajaya dan Labuan serta Lembah Klang dan Hal Ehwal Kepulauan.
• Bertanggungjawab untuk mengawal selia :
  • Dewan Bandaraya Kuala Lumpur.
  • Perbadanan Putrajaya.
  • Perbadanan Labuan.

Pada 23 Oktober 2009, ketika pembentangan Bajet 2010, Y.A.B. Perdana Menteri telah mengumumkan bahawa fungsi dan tanggungjawab Kementerian Wilayah Persekutuan diperkukuh dan diperluaskan untuk membasmi kemiskinan bandar seluruh negara dan melaksanakan program kesejahteraan bandar. Sehubungan itu, pada 13 November 2009, Kementerian Wilayah Persekutuan dengan rasminya dikenali sebagai Kementerian Wilayah Persekutuan dan Kesejahteraan Bandar. Namun, pada Mei 2013 nama asal kementerian iaitu Kementerian Wilayah Persekutuan dikembalikan.